بخش زیادی از شرکت‌های دانش‌بنیان، شرکت‌های کوچک و متوسطی هستند که از ظرفیت بالقوه بالایی جهت دانش‌بنیان نمودن اقتصاد برخوردار می‌باشند. با این حال، هم اکنون درآمد کل شرکت‌های دانش‌بنیان در حدود ۲۰ هزار میلیارد تومان برآورد می‌شود که سهم اندکی از تولید ناخالص داخلی کشور را به خود اختصاص داده‌است. بررسی این نسبت در مقایسه با چشم‌اندازهای تعیین شده در اسناد بالادستی، حاکی از وجود موانعی بر سر راه توسعه کمی و کیفی کسب و کار این شرکت‌ها در کشور می‌باشد.
بدین ترتیب به نظر می‌رسد طراحی هرگونه سیاست حمایتی در سطوح کلان، مستلزم شناخت دقیق از ماهیت، جایگاه و ظرفیت شرکت‌های دانش‌بنیان می باشد. اغلب شرکت‌های دانش‌بنیان را فارغ‌التحصیلان دانشگاهی تشکیل می‌دهند که با هدف کسب درآمد از نوآوری‌های فناورانه گرد هم آمده‌اند. این افراد اغلب در فرآیند توسعه دانش فنی، تولید نمونه اولیه و در نهایت تجاری‌سازی و فروش محصول فناورانه یا دانش‌بنیان خود می‌باشند. مهمترین سرمایه و دارایی‌های این شرکت‌ها را نه زیرساخت‌های فیزیکی و دارایی‌های سرمایه‌ای، بلکه سرمایه انسانی، دانش فنی، محصول اولیه و در کل دارایی‌های فکری تشکیل می‌دهند.
شرکت‌های دانش‌بنیان در فرآیند توسعه و تجاری‌سازی فناوری خود با ریسک‌های بالایی مواجه‌اند. وجود این مخاطرات، جذب منابع مالی از نهادهای معمول تامین مالی مانند نظام بانکی را با مشکلات متعددی مواجه می‌سازد. از یک سو بسیاری از شرکت‌های دانش‌بنیان به علت عدم توان وثیقه‌گذاری مناسب، ریسک بالای کسب و علی الخصوص ریسک‌های فنی، دشواری‌های فراوانی را در بهره‌مندی از منابع مالی موجود در نظام بانکی پیش روی خود می بینند. در نقطه مقابل نیز تمایل بانک‌ها به تامین مالی پروژه‌های کم ریسک و با حجم زیاد و همچنین عدم توانمندی آن‌ها در ارزیابی تخصصی و برآورد دقیق ارزش دارایی‌های فکری، دانش‌فنی و محصولات فناورانه، این دشواری را از جانب نظام بانکی دوچندان می‌کند.
در سال‌های اخیر صندوق نوآوری و شکوفایی یکی از نهادهای موثر در تامین مالی شرکت‌های دانش‌بنیان محسوب می‌شود. این نهاد که با هدف رفع ریشه‌ای (و نه راه‌حل‌های کوتاه‌مدت و مسکّن گونه) چالش‌های فوق‌الذکر تاسیس شده است، می‌بایست با جبران خلا نهادی و بسترسازی برای تسهیل اعتبارسنجی تخصصی، ارزش‌گذاری دارایی‌های معنوی و دانش فنی شرکت‌های دانش‌بنیان، نقش حاکمیتی و قاعده‌گذاری خود را ایفا نماید.
اما آنچه در عمل طی ۳ سال عملکرد اجرایی این صندوق رخ داده‌است، مزیت قابل اعتنایی را برای شرکت‌های دانش‌بنیان نسبت به روش‌های تامین مالی معمول از بانک‌ها و … به دنبال نداشته‌است. به عنوان مثال، اغلب شرکت‌های دانش‌بنیان برای دسترسی به تسهیلات صندوق نوآوری و شکوفایی، ملزم به وثیقه‌گذاری به ارزش حداقل ۱۰۰% مبلغ تسهیلات می‌باشند. هرچند ماهیت اخذ وثیقه امری غیرقابل انکار است اما نادیده گرفتن دارایی‌های فکری این شرکت‌ها، موجودی انبارها و … در تعیین وثایق توسط صندوق امری تعجب برانگیز است. تاکید زیاد صندوق بر ارائه وثایق سنگین مانند وثیقه ملکی سهل البیع برای پوشش کل ریسک تسهیلات توسط صندوق، شاهدی بر این ماجراست.
هرچند این نهاد اهتمام خود را در ارائه تسهیلات متناسب با نیاز شرکت‌های دانش‌بنیان (مانند تسهیلات قبل و بعد از تولید صنعتی، لیزینگ دانش‌بنیان، ضمانت‌نامه و …) نشان داده‌است؛ اما ریشه این عدم کارایی را باید در ضعف توان ارزیابی تخصصی صندوق و عدم بهره‌گیری از ظرفیت سایر نهادهای تخصصی در این زمینه جست و جو کرد.
از صندوق نوآوری و شکوفایی به عنوان یک نهاد مستقل تامین مالی تخصصی حوزه دانش‌بنیان انتظار جدی می‌رود که با حفظ شأن قاعده‌گذاری خود، اقدام به همراستا نمودن ظرفیت و توانمندی سایر نهادهای فعال در زمینه ارزیابی تخصصی و ارزش‌گذاری فناوری نماید. حتی در صورت عدم وجود کمیت و کیفیت مناسب در این زمینه، بستر نهادی لازم را برای شکل‌گیری و ایجاد آن فراهم نماید. از جمله اقدامات لازم برای بسترسازی نهادی می توان به موارد زیر اشاره نمود:
۱- لزوم انعطاف‌پذیری صندوق نوآوری و شکوفایی در زمینه تعیین شرایط تسهیلات و وثایق همانند سیاست این صندوق در ارائه تسهیلات متنوع به شرکت‌های دانش‌بنیان
۲- هدایت صندوق‌های پژوهش و فناوری غیر دولتی به کسب توانمندی‌های لازم در ارزیابی تخصصی دارایی‌های فکری و ارزش‌گذاری فناوری از طریق اعتباربخشی به این اقدامات از جانب صندوق نوآوری و شکوفایی
۳- ایجاد بسترهای تشویقی و حمایتی لازم برای شکل‌گیری نهادهای فعال در ارائه خدمات ارزیابی تخصصی فناوری و ارزش‌گذاری دارایی‌های فکری
