بر اساس فرموده های رهبر انقلاب و ماموریت های محوله توسط ایشان به ستاد فرماندهی اقتصاد مقاومتی، «فرماندهی اقتصاد از فکر تا عمل»، «انجام کارهای فوق العاده اقتصادی» و «پایش گری و نظارت بر اقدامات دستگاه ها» 3 ماموریت مهم این ستاد است.